Eberhard Sinner ist Stimmkreisabgeordneter des Stimmkreises Main-Spessart. Seine Ziele: Arbeitsplätze für morgen und die Erhaltung von Natur und Umwelt. Schwerpunkte seiner politischen Arbeit im Landkreis sind der Schutz der Trinkwasserreserven und des Hafenlohrtales, der Ausbau der regenerativen Energie, die Verbesserung der Breitbandversorung im ländlichen Raum, die Entlastung der Ortskerne durch den Bau von Umgehungsstraßen und die Stärkung der Infrastruktur des Wirtschaftsraumes Main-Spessart.
Eberhard Sinner ist seit 1986 Abgeordneter des Main-Spessart- Kreises. Als forstpolitischer Sprecher der CSU setzte er sich für naturnahe Wälder mit wirtschaftlicher Leistung ein und für eine zukunftsfähige Landwirtschaft, die für gesunde Nahrungsmittel und eine abwechslungsreiche Kulturlandschaft sorgt.
Er war die treibende Kraft für "BAYERN ONLINE". Denn Datenautobahnen sind ein wichtiger Baustein der Offensive "Zukunft Bayern" und eröffnen neue Chancen für das Land im Informationszeitalter. Bis Januar 2001 war Eberhard Sinner Vorsitzender der Arbeitsgruppe Information und Kommunikation und Vorsitzender der Arbeitsgruppe "Neue Sozial- und Bürgerkultur" des Landtages.
Von Januar 2001 bis Oktober 2003 war Eberhard Sinner erster Bayerischer Staatsminister für Gesundheit, Ernährung und Verbraucherschutz und anschließend Bayerischer Staatsminister für Europaangelegenheiten und regionale Beziehungen. Von November 2005 bis Oktober 2008 war Eberhard Sinner Leiter der Bayerischen Staatskanzlei.